所搭蓋的媽祖宮，並恭請座鑑奉祀之媽祖金尊進宮，供軍民膜拜。後清康熙58年間各官捐俸拓建，形成前殿祀媽祖、
後殿祀觀音，兩旁有僧舍六間，僧人奉以香火，稱為天后宮，當時鹿耳門為台廈通商口岸，香火時分鼎盛。
道光3年(1823年)遇大風雨，造成曾文溪改道，洪流夾帶崩山泥沙淤塞在台江內海，使內海變成了陸地，鹿耳門成為廢口，
也造成了天后宮香火中落，後有官賈共同捐銀重建鹿耳門天后宮，但又於同治10年(1871年)遇上山洪暴發，造成康熙58年間所建的天后宮被沖毀，
開基媽祖金尊在搶救後奉祀於媽祖宮庄爐主家中，其他神明祀奉於水仙宮，並由水仙宮代為舉行普渡，因此有著「鹿耳門寄普」的由來。
經此水災後，再由媽祖宮庄民籌資重建天后宮，並擇定於原廟址偏南八百公尺處，重建廟堂奉祀，即為今日所見樣貌，重建後的天后宮為閩南式建築，
用官建孔廟回字型具有朝拜之天井與串連貫通各殿堂、廡房、樓閣之迴廊空間布置，並以「開基、北線、鹿耳、天后、媽祖」做為拜殿至中殿總共22對楹門對聯之起首字，
融合與詮釋儒釋道及台灣本土特色與風格。
鹿耳門天后宮建築特色：依照古制，巍峨壯觀，莊嚴肅穆。廟內供奉的『鹿耳門媽』，面容慈祥莊嚴，刻工精美，以大陸稀有的千年萱芝木材－－紫檀木所雕刻成。
