位於七股溪河口兩側是大片紅樹林保護區，目前台灣現存的紅樹林只有四種：水筆仔、欖李、海茄苳及五梨跤。

從台南是沿海北起八掌溪口，南至曾文溪口，成為紅樹林落腳繁衍的好地方。分別分布在北門區生長於急水溪口的淺沼泥地，樹種為海茄苳、水筆仔；
將軍區生長於將軍溪口，樹種為水筆仔、海茄苳；七股區生長於海寮港及海埔地魚塭內路溝岸曾文溪口粘沼泥地，散生五公頃海茄苳、欖李等。紅樹林一旁的水濱和泥灘地上，
內蘊藏大量的礦物質和有機物，經常可見彈涂魚、招潮蟹、水鳥活躍期間，構成豐富的生態系統。